Vyhláška č. 492/2005 Sb. také uvádí pokyny pro stanovení příplatků k základnímu normativu pro žáky se zdravotním postižením. Konkrétně se stanovuje příplatek na žáka se zdravotním postižením ve škole, třídě nebo skupině samostatně zřízené pro žáky se zdravotním postižením (dále jen speciální škole nebo třídě), v individuální integraci, družině pro žáky se zdravotním postižením, oboru vzdělávání praktická škola a domově mládeže pro žáky se zdravotním postižením. Výše příplatku se přitom odvíjí od druhu zdravotního postižení. Rozlišuje se též, zda se jedná o těžké zdravotní postižení. Výpočet příplatku obvykle vychází z násobku základního normativu.

V Karlovarském kraji v roce 2014 tak např. činila výše příplatku k normativu na žáka s lehkým mentálním postižením v individuální integraci a speciální škole či třídě 0,9 násobku základního normativu pro daný druh školy (MŠ, první stupeň ZŠ atd.). V případě těžkého tělesného postižení činil příplatek 2,0 násobku základního normativu ve speciální škole či třídě, v případě individuální integrace byl násobek stanoven na 1,5. V Libereckém kraji byl ve stejném roce příplatek na žáka nevidomého ve speciální škole či třídě 2,0 násobku normativu, v individuální integraci pak 1,5. O polovinu nižší byl v roce 2014 v Libereckém kraji příplatek k normativu na žáka s mentálním postižením v běžné škole (0, 365) než ve speciální škole či třídě (0,73). V Moravskoslezském kraji činil příplatek na žáka s těžkým zrakovým, sluchovým, mentálním postižením a autismem ve speciální škole a třídě 2,5 násobku normativu, v individuální integraci 1,5 násobku normativu.

Z výše uvedených informací je zřejmé, že současné legislativní nastavení vede k tomu, že výše příplatku na žáky se zdravotním postižením je odvozována nikoliv od míry skutečné podpory, kterou daný žák při vzdělávání potřebuje, ale od výše regionálně diferencovaného základního normativu. Školy tak mohou v různých krajích dostávat na stejného žáka rozdílnou výši příplatku, přestože reálné potřeby žáka jsou stále stejné. Rozdílné příplatky na stejného žáka mohou být i v rámci jednoho kraje, neboť odlišné příplatky dostávají školy hlavního vzdělávacího proudu a školy speciální. Přičemž v řadě případů je příplatek na žáka vzdělávaného formou individuální integrace nižší než na žáka se stejnou diagnózou vzdělávaného ve speciálních třídách či školách.

Samostatnou kapitolou je financování asistentů pedagoga, které je v případě asistentů pedagoga pro žáky se sociálním znevýhodněním a asistentů pedagoga v církevních a soukromých školách řešeno rozvojovým programem MŠMT. V případě asistentů pedagoga pro žáky se zdravotním postižením a zdravotním znevýhodněním ve školách zřizovaných kraji a obcemi jsou finanční prostředky poskytovány kraji z tzv. rezervy určené na financování oblastí, které nelze hradit z normativních prostředků. Kraje mají uloženo do tohoto fondu vyčleňovat finanční prostředky státního rozpočtu, zvláštní pozornost mají při tom věnovat právě zajištění funkce asistentů pedagoga. Objem finančních prostředků však již delší dobu neumožňuje uspokojit poptávku škol po finančních prostředcích na platy asistentů pedagoga, které školy potřebují.