Na začátku každého vyšetření v ŠPZ vždy stojí žádost zákonného zástupce, která specifikuje, za jakým účelem je vyšetření prováděno.

Nejčastějšími typy vyšetření jsou:

• Vstupní vyšetření: Vstupní vyšetření se provádí při první návštěvě klienta v ŠPZ. Provede se evidence klienta (zavedení spisu) a prvotní vyšetření. Při rozhodnutí, jak podrobné bude vstupní vyšetření, záleží zejména na věku a obtížích klienta. Vstupní vyšetření by mělo odpovědět na otázku, zda zvolené ŠPZ je díky svému zaměření schopno efektivně řešit vzdělávací problémy klienta, a nastaví strategii další spolupráce s klientem, jeho školou a rodinou. Často je toto vstupní vyšetření identické s vyšetřením komplexním.
• Komplexní vyšetření: Komplexní vyšetření provádí speciální pedagog (zaměřuje se zejména na identifikaci vzdělávacích potřeb). V některých případech není nutné, aby klient absolvoval psychologické vyšetření (např. fakt, že žák je prakticky nevidomý, ještě nezakládá potřebu vyšetření rozumových schopností). Komplexní vyšetření je nutné vždy při návrhu na změnu vzdělávacího programu, v případě potřeby také při zařazení nebo přeřazení do školského zařízení a při doporučení k integraci.
• Vyšetření k zařazení dítěte se zdravotním postižením do mateřské školy: Ředitel mateřské školy (nebo speciální mateřské školy) přijímá na základě žádosti rodičů a písemného doporučení ŠPZ dítě se zdravotním postižením do MŠ. Jediným důvodem, kdy lze přijetí dítěte s postižením odmítnout, je naplnění kapacity MŠ.
  Posouzení školní zralosti, vyšetření za účelem vhodnosti odkladu školní docházky: ŠPZ doporučuje na základě vyšetření (zakázka rodiče) řediteli ZŠ odklad školní docházky. Při vyšetření se jedná o celkové posouzení školní zralosti a připravenosti, v případě žáků se speciálními vzdělávacími potřebami záleží i na druhu a stupni zdravotního postižení či zdravotního (sociálního) znevýhodnění.
• Doporučení k zařazení do optimálního vzdělávacího programu: Vyšetření je prováděno buď před nástupem do povinné školní docházky, nebo během ní, pokud se u žáka projeví výrazné obtíže vyžadující podstatnou změnu ve výuce. Vyšetření je vždy komplexní, včetně vyšetření rozumových schopností psychologem. Je samozřejmé, že vyšetření se jako vždy koná na základě žádosti zákonných zástupců vyjádřené informovaným souhlasem.
• Doporučení ke speciálnímu vzdělávání žáka se speciálními vzdělávacími potřebami: Na žáky se zdravotním postižením, zdravotním znevýhodněním, sociálním znevýhodněním (žáci se speciálními vzdělávacími potřebami) se vztahují ustanovení vyhlášky č. 147/2011 Sb. Tito žáci mají ze zákona nárok na podpůrná opatření (využití speciálních metod, postupů, forem a prostředků vzdělávání, kompenzačních pomůcek apod.) zohledňující jejich vzdělávací potřeby. Speciální vzdělávací potřeby jsou zjišťovány na základě vyšetření školským poradenským zařízením a jejich rozsah a závažnost jsou důvodem k zařazení do režimu speciálního vzdělávání.
  Nejčastější formou speciálního vzdělávání je individuální integrace v běžné MŠ, ZŠ a SŠ. Pro individuálně integrovaného žáka se může stanovit individuální vzdělávací plán (§ 6 vyhlášky č. 147/2011 Sb.), který obsahuje údaje o poskytování individuální speciálněpedagogické (psychologické) péče, údaje o časovém a obsahovém rozvržení učiva, způsobu hodnocení žáka. Součástí je vyjádření potřeby dalšího pedagogického pracovníka, seznam kompenzačních pomůcek, návrh na snížení počtu žáků ve třídě, předpokládaná potřeba navýšení finančních prostředků, závěry vyšetření poradenského pracoviště, jmenovité určení pedagogického pracovníka SPC, které bude se školou spolupracovat. Za zpracování IVP odpovídá škola (ředitel). Vypracovává se za pomoci příslušného SPC, které dvakrát do roka kontroluje jeho plnění.
  Další formu vzdělávání představuje skupinová integrace nebo zařazení žáka do školy samostatně zřízené pro žáky s daným typem zdravotního postižení (dále jen speciální školy). Pro žáky se zdravotním znevýhodněním a se sociálním znevýhodněním žádné speciální školy zřizovány nejsou.
  Možnou formou vzdělávání je i kombinace těchto forem.
• Vyšetření jako podklad k jinému způsobu plnění povinné školní docházky: Jedná se naplnění zákonného práva na vzdělávání v několika modelech.
  První je tzv. individuální vzdělávání (§ 41 školského zákona), kdy zákonný zástupce vzdělává své dítě sám a žák chodí pravidelně do školy, v níž je zapsán, na přezkoušení plnění školních výstupů. To je legislativou umožněno na 1. stupni ZŠ, tzv. domácí výuka žáků na 2. stupni ZŠ se ověřuje experimentálně. K této formě domácího vzdělávání dává ŠPZ své vyjádření, v kterém je doporučí, nebo nedoporučí. Obecně lze říci, že u žáků se zdravotním postižením tato forma vzdělávání nemusí být optimální, protože jedním z cílů inkluzivního vzdělávání je zařazení žáka do vrstevnického kolektivu, což se u individuálního vzdělávání přirozeně neděje. Každou takovou žádost je potřeba posuzovat individuálně a zvážit všechny důvody a jejich možné dopady. O přijetí žáka ke vzdělávání dle výše uvedeného § rozhoduje ředitel školy.
  Ve druhém případě jde (§ 42 školského zákona) o vzdělávání žáků s hlubokým mentálním postižením. Žádost o individuální vzdělávání dítěte podávají zákonní zástupci na kterékoliv ZŠ v ČR. Způsob vzdělávání podle § 42 stanoví krajský úřad, podmínkou je souhlas zákonného zástupce. Krajský úřad stanoví, se souhlasem zákonného zástupce, dítěti s hlubokým mentálním postižením takový způsob vzdělávání, který odpovídá jeho duševním a fyzickým možnostem, a to na základě doporučení školského poradenského pracoviště (v tomto případě především SPC) a posouzení odborného lékaře. Krajský úřad zároveň zajistí odpovídající pomoc při vzdělávání (zejména pedagogickou a metodickou). Jde o vzdělávání žáků, jejichž zdravotní stav často neumožňuje přepravu do školy. Vzdělávání zabezpečuje speciální pedagog SPC nebo pedagog školy pověřené KÚ. V současnosti citelně chybí podrobnější vymezení obsahu i organizace daného způsobu plnění povinného vzdělávání. Praktické naplnění tohoto práva není na území ČR jednotné.
  Další možnost vzdělávání žáka s těžkým zdravotním postižením, které se svým praktickým provedením blíží předchozímu modelu: Žák je přijat do speciální školy a na základě doporučení ŠPZ a doporučení ošetřujícího lékaře je mu stanovena doba, po kterou je vzhledem ke svému zdravotnímu stavu schopen vzdělávání (zpravidla v rozsahu 4–6 hodin týdně). To pak realizuje pedagog dané školy (případně SPC) docházející vyučovat žáka domů. V závislosti na zdravotním stavu může žák také na doporučenou dobu docházet do školy. Vyučování se samozřejmě děje podle podrobně zpracovaného IVP.
• Kariérové poradenství: Vyšetření týkající se profesního poradenství se zaměřuje na stanovení silných a slabých stránek osobnosti žáka. Zohledňuje se typ a stupeň zdravotního postižení a možnost uplatnění na trhu práce. Zejména PPP se zaměřují na kariérové poradenství intaktní populace.
• Doporučení k přijímacím, závěrečným zkouškám, včetně zkoušky maturitní: ŠPZ posuzuje, zda je nutné upravit podmínky pro konání maturitní zkoušky, případně přijímací a závěrečné zkoušky. Pro žáky, kteří po dobu své školní docházky využívají podpůrných opatření, je třeba uzpůsobit podmínky těchto zkoušek tak, aby během nich mohl žák využívat stejného režimu podpůrných opatření jako při běžném vzdělávání.
  Přijímací a závěrečné zkoušky doposud školy realizují na školní úrovni. Na jejich úpravě se tedy domluví vedení školy s příslušným ŠPZ. Jiná je situace u státních maturit (a v brzké budoucnosti i u závěrečných zkoušek).
• Jiná vyšetření: Do této kategorie patří specifické zakázky, které většinou nesměřují k nastavení výchovně-vzdělávacích opatření, jsou to např. odborné posudky pro Českou správu sociálního zabezpečení.

Je nutné zdůraznit, že výše uvedená vyšetření nejsou jedinou náplní činnosti ŠPZ, ale jsou pouze základním předpokladem pro naplnění poslání jejich činnosti – poskytování poradenských a podpůrných služeb (reedukačních, terapeutických apod.), kteréžákům s SVP umožní efektivní vzdělávání. Nabídka těchto služeb se již liší podle druhu ŠPZ, která je nabízejí, proto o nich budeme mluvit v následujícím textu v souvislosti s popisem činnosti jednotlivých typů ŠPZ.